Smyslem KA 1 je koordinovat a řídit činnost řešitelů v rámci celého projektu. Řízení projektu bude probíhat ve dvou úrovních: centrální (celouniverzitní) a na úrovni jednotlivých fakult/pracovišť. Vedoucí řešitel projektu je zodpovědný za úspěšnou realizaci celého projektu. Za řízení projektu na centrální úrovni je zodpovědný projektový manažer, který je podřízen vedoucímu řešiteli projektu. Členové projektového týmu na centrální úrovni jsou zodpovědní za řízení projektu dle pravidel a podmínek poskytovatele dotace a zároveň dle interních pravidel žadatele projektu a platné legislativy. Pro efektivní řízení projektových činností a komunikaci mezi úrovněmi řízení projektu jsou využívány tyto nástroje: týmová spolupráce; pravidelné porady (v užším i širším složení, jejichž cílem bude kontrola plnění projektových aktivita čerpání finančních prostředků), výměna zkušeností mezi členy týmu, kontrolní mechanismy, stanovení odpovědností a pravomocí.